PHÂN TÍCH MẪU TRONG PHÒNG THÍ NGHIỆM

Hoạt động chính của phần Sinh học là thu thập, xử lý và phân tích mẫu động vật và môi trường được thu nhận từ các trại chăn nuôi thuộc dự án với mục đích đánh giá tình hình kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn tại trại chăn nuôi. Bên cạnh đó ảnh hưởng của hoạt động chăn nuôi tới môi trường xung quanh cũng sẽ được phân tích, đánh giá.

Các loại mẫu thu nhận bao gồm mẫu phân cá thể (gà và heo), mẫu vớ dặm sàn chuồng gà, mẫu nước thải và mẫu nước ao trong khu vực chăn nuôi. Mẫu sau khi thu sẽ được chuyển về phòng thí nghiệm thuộc Trung Tâm Y Học Nhiệt Đới, Đơn vị Nghiên Cứu Lâm Sàng ĐH Oxford ngay trong vòng 24 giờ để xử lý và phân tích.

Khoa xét nghiệm trực thuộc bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới, nơi lưu giữ và phân tích mẫu thu thập từ trại chăn nuôi.

Kỹ thuật viên lấy mẫu phết hậu môn tại một trại heo ở Tiền Giang.

Kỹ thuật viên đang tiến hành lấy mẫu phết lỗ huyệt trên gà.

 Kỹ thuật viên thực hiện lấy mẫu phết trên sàn trại gà.

Tiến hành lấy mẫu nước thải từ một trại heo tại Tiền Giang.

Qui trình xét nghiệm mẫu gồm có 4 giai đoạn chính là (1) nuôi cấy, (2) phân lập vi khuẩn mục tiêu, (3) định danh xác định tên của chủng vi khuẩn phân lập ở bước 2 & kiểm tra tính kháng nhạy của những chủng này với các một số loại kháng sinh chọn lọc, và (4) đọc kết quả. Tổng thời gian của toàn bộ quy trình xét nghiệm là bốn ngày. 

Ngày 1 – Nuôi cấy. Với mục đích tạo điều kiện cho vi sinh có trong mẫu khảo sát sinh trưởng nhanh, phát triển mạnh về số lượng, mẫu chứa vi khuẩn được đưa vào môi trường rau câu dinh dưỡng thích hợp trong các đĩa thuỷ tinh. Các đĩa này sẽ được ủ trong tủ ấm với nhiệt độ 37oC, 24 giờ. 

Hoạt động tập huấn cho TYV là một hoạt động quan trọng vì đây là giai đoạn giúp TYV hiểu rõ tầm quan trọng của mình. Từ đó, dự án có những định hướng để giúp TYV thực hiện tốt hoạt động thu thập thông tin của phiếu ghi chép chăn nuôi.

Ngày 2 – Phân lập vi khuẩn mục tiêu. Sau 24 giờ, vi khuẩn đã mọc thành từng cụm (được gọi là các khuẩn lạc) có thể quan sát được bằng mắt thường trên bề mặt của môi trường rau câu dinh dưỡng. Từng khuẩn lạc này chứa hàng triêu vi khuẩn cùng loại đã sinh sôi từ một tế bào vi khuẩn ban đầu. Dựa vào màu sắc và hình dạng dặc trưng của từng khuẩn lạc, các khuẩn lạc mục tiêu sẽ được tách riêng bằng cách chuyển sang đĩa môi trường mới và ủ trong 24h trước khi tiến hành các bước thí nghiệm tiếp theo.

Vi trùng mọc thành từng cụm trên bề mặt của môi trường rau câu dinh dưỡng trong đĩa sau khi ủ trong tủ ấm 24h

Ngày 3 – Định danh và kiểm tra tính kháng nhạy của vi khuẩn đã phân lập.

Bước 1 - Định danh. Sau khi lớp màng bên ngoài của vi khuẩn được phá vỡ bằng hóa chất, mẫu sẽ được đưa vào máy Maldi-tof. Kết quả định danh sẽ có được trong khoảng 30 phút.

Quá trình định danh tên vi khuẩn bằng máy Maldi-tof

Bước 2 - Kiểm tra tính kháng nhạy của vi khuẩn phân lập được với một số kháng sinh. Sau khi hòa tan một lượng vi khuẩn nhất định vào dung dịch nước muối sinh lý, dung dịch này sẽ được dùng để trải lên bề mặt môi trường rau câu dinh dưỡng thích hợp. Ngay sau đó các đĩa giấy tẩm kháng sinh sẽ được đặt lên trên bề mặt các đĩa này bằng một dụng cụ chuyên biệt. Đĩa sẽ được ủ trong tủ ấm như trình bày ở trên. 

Ngày 4 – Đọc kết quả kháng nhạy. Quan sát đĩa ta sẽ thấy các vòng tròn xung quanh đĩa giấy tẩm kháng sinh, các vòng này được gọi là vòng không có vi khuẩn, còn được gọi là vòng vô khuẩn. 

Đường kính của vòng kháng khuẩn được đo bằng hệ thống e-camera

Toàn bộ đĩa sẽ được chụp hình và đường kính vòng kháng khuẩn sẽ được đo bằng cách sử dụng hệ thống e-camera. Sau đó, kích thước ghi nhận sẽ được so sánh với kích thước chuẩn (hệ thống CLSI) để đưa ra kết luận về tính kháng nhạy của chủng được kiểm tra với từng loại kháng sinh. 

Kết quả thu nhận được sẽ cho biết vi khuẩn lưu hành trên đàn vật nuôi và môi trường còn nhạy hay đã kháng với các thuốc kháng sinh phổ biến. Thông tin này sẽ giúp bác sĩ định hướng sử dụng kháng sinh hiệu quả và hợp lý trong điều trị bệnh.